NUEVA METODOLOGIA PARA DISCRIMINAR LAS MUTACIONES ARTEFACTUALES EN CANCER.

Desde que se secuenció todo el genoma humano por el equipo de la NIH (Francis S Collins) se ha intentado hacer un catalogo completo de las mutaciones y desarreglos cromosómicos que ocurren en los procesos tumorales. El proyecto se denominó The Cancer Genome Atlas (TCGA). Hasta el momento se han elaborado los atlas mutacionales del glioblastoma multiforme, cáncer de ovario, colo-rectal, pulmón, cabeza y cuello, múltiple mieloma, leucemia linfocítica crónica, etc … Ahora un equipo multinacional liderado por el Profesor Gad Getz del Broad Institute of MIT and Harvard, y el Massachusetts General Hospital ha mostrado que muchas secuenciaciones realizadas hasta el momento están repletas de falsos positivos. Este artículo ha sido publicado en la prestigiosa revista Nature. Por ejemplo, encontraron el 25% de las mutaciones en genes de los receptores olfativos. También encontraron que un 18% de las mutaciones en genes que se transcriben en proteínas de enorme peso molecular como por ejemplo el de la titina (proteína muscular). Los autores del estudio han desarrollado una metodología (MutSigCV) para resolver esta problemática. Inicialmente el equipo estudió 178 tumores pulmonares escamosos. Encontraron 450 mutaciones diferentes. De ellas solo 11 fueron ciertas y coincide con las mutacions descritas en otras publicaciones. A partir de estos resultados el equipo estudió 3.083 tumores de 27 tipos de cánceres. Obtuvieron 373,909 mutaciones. Un promedio de 4 mutaciones /Mb y por tumor. Curiosamente se encontró que en los cánceres pediátricos se encontraron frecuencias mutacionales tan bajas como 0.1 mutacion/Mb (aproximadamente un cambio en todo el exoma tumoral), mientras que en el extremo opuesto, el melanoma y el cáncer de pulmón con más de 100 mutaciones / Mb. El MutSigCV es capaz de discriminar la mayoría de los hallazgos artefactuales y permitir la identificación de los genes realmente asociados con el cáncer. Sin duda un gran avance que nos permitirá enfocarnos en las mutaciones que realmente soportan el peso de la génesis tumoral y de su expansión. No haber hecho este estudio hubiera podido perdernos en un desierto investigacional durante décadas.